Lasy nadleśnictwa położone są w strefie umiarkowanego zagrożenia przez czynniki chorobowe i szkodniki. Do czynników wpływających ujemnie na zdrowotność lasu należą emisje pyłów i gazów z pobliskiego Wrocławia.  Istotne szkody w naszych lasach powodują niektóre gatunki owadów. W ostatnich latach na terenie Nadleśnictwa Syców wzrosło zagrożenie ze strony chrabąszcza majowego i zwójki zieloneczki, zwłaszcza na terenie obrębu Rychtal. Problematycznym gatunkiem jest także brudnica mniszka. W celu prognozowania zagrożeń ze strony tego motyla, na początku lipca, wykładane są specjalne lejkowate pułapki. Od 2018 roku szkodnikiem wtórnym, który stanowi najistotniejszy problem nadleśnictwa w drzewostanach sosnowych jest kornik ostrozębny Ips acuminatus. Szkodnik ten pojawia się przede wszystkim w drzewostanach osłabionych długotrwałymi suszami, szkodami po wiatrach, a także chorobą zamierania pędów sosny wywołanej przez Sphaeropsis sapinea.

Opryski powierzchni leśnych są prowadzone wyłącznie w przypadkach zagrożenia trwałości lasu. Poprzedzone są one konsultacjami społecznymi. Zgodnie z polityką certyfikacji FSC nie stosuje się niebezpiecznych dla środowiska pestycydów.

Szkody łowieckie wyrządzają głównie jelenie, sarny i daniele.  W celu zabezpieczenia przed szkodami wyrządzanymi przez zwierzynę, odnowione lasy są grodzone specjalną siatką, którą usuwa się po wyrośnięciu drzewek na odpowiednią wysokość. Aby uniknąć grodzenia zbyt dużej liczby powierzchni, stosuje się również indywidualne zabezpieczanie repelentami i pakułami.

Nadleśnictwo Syców uczestniczy w programie "Małej Retencji Wodnej". Jego realizacja polega na budowie małych zbiorników oraz spowalnianiu odpływu wody z lasu i zahamowaniu postępującego obniżenia poziomu wód gruntowych. Powstałe zbiorniki w ciągu kilku lat zostają zasiedlone przez rozmaite gatunki roślin i zwierząt, znacznie wzbogacając bioróżnorodność.

W celu osiągnięcia zgodności ze standardami FSC na terenie Nadleśnictwa Syców zostały wyznaczone lasy o wysokiej wartości. Obszary te są desygnowane jako „Lasy o szczególnych walorach przyrodniczych w Polsce (HCVF)". Na obszarach tych działania gospodarcze będą dostosowane do wymogów ochrony wartości takich lasów. Zaliczono je do następujących kategorii:

HCVF 1 – lasy w rezerwatach przyrody oraz ostoje zagrożonych i ginących gatunków,

HCVF 3 – ekosystemy rzadkie i zagrożone w skali Europy oraz siedliska priorytetowe, 

HCVF 4 – lasy wodochronne i glebochronne, 

HCVF 6 – lasy kluczowe dla tożsamości kulturowej lokalnych społeczności: cmentarze, grodziska, parki podworskie, pomniki przyrody, arboretum, mogiły i miejsca pamięci narodowej.

Zgodnie z wymogami Krajowego Standardu Odpowiedzialnej Gospodarki leśnej FSC w Polsce FSC-NSTD-FM-PL w ramach kryterium 6.4, wyznaczono ekosystemy reprezentatywne. Powierzchnie te nie będą objęte zabiegami gospodarczymi, poza niezbędnymi działaniami podnoszącymi walory przyrodnicze służącymi ich zachowaniu.

W  skład stref ochronnych i powierzchni ochronnych oraz „ekosystemów reprezentatywnych", wyznaczone zostały obszary rezerwatów przyrody, użytków ekologicznych, stref ochrony całorocznej  zwierząt, wybrane siedliska przyrodnicze   w stanie B i C, grunty pozostawione do naturalnej sukcesji, kępy ekologiczne, drzewostany zachowawcze i WDN, oraz miejsca występowania gatunków chronionych.